Cyngor CLlLC yw corff llywodraethu’r gymdeithas. Mae’n gyfrifol am benodi swyddogion, trin a thrafod materion cyfansoddiadol a gweithredol a hybu polisïau.
Yn ystod pob cyfarfod blynyddol cyffredinol, bydd Cyngor WLGA yn penodi’r llywydd a’i ddirprwyon, yr arweinydd a’i ddirprwyon a’r llefarwyr. Cyngor CLlLC sy’n pennu cyllideb y gymdeithas, hefyd. Mae gan yr aelodau cyswllt gynrychiolwyr ymhlith aelodau Cyngor CLlLC hefyd, er nad oes gyda nhw hawl i bleidleisio yno.